La pensée n'est pas spécifique à l'homme ; elle est apparue très progressivement, et non "d'un seul coup?" : d'abord, il y eut des animaux qui, comme les poissons, eurent des pensées automatiques, puis vinrent les émotions avec les oiseaux, et enfin une véritable aptitude de réflexion chez les mammifères et surtout les hommes. Dans un style simple et imagé, La Fabrique de la pensée décrit ainsi dans un premier temps cette évolution de la pensée avec la vie.

Puis, s'attardant sur l'homme, l'auteur nous fait prendre conscience de la "relativité" de nos pensées, nous montrant comment elles sont tributaires des différents organes de notre cerveau : le résultat de nos réflexions peut être totalement différent suivant leurs aptitudes. Ainsi, nos connexions neuronales, répétitives, associatives, ou comparatives, déterminent notre esprit d'analyse ou de synthèse, notre amygdale du cerveau est source d'émotions et de traumatismes, notre cortex préfrontal est le centre de la planification et de la mémoire de travail, notre hippocampe est essentiel pour nous permettre de mémoriser des informations...

Au fil des pages, on apprend à penser avec plus de recul et à être davantage maître de soi, parce que l'on comprend enfin comment nos idées, tristes ou gaies, se mettent en place.